El 19 de Noviembre de 1921, en la casa de las misioneras dominicas de la ciudad de Huacho, moría el P. Zubieta, casi repentinamente, a causa de un gran deterioro de su salud, que culminó en una fuerte pulmonía. Tenía 57 años, de los que once había pasado en las misiones filipinas, y veinte en las misiones de las selvas amazónicas del Perú. Toda una vida de entrega a la causa evangelizadora, en lugares llenos de peligros y de problemas.
Pocos días antes de morir, en una carta dirigida al P. Sarasola, su sucesor al frente del Vicariato, le decía, entre otras cosas, lo siguiente: «Me dice el médico… que tomando ahora descanso y curándome, tenía vida y disposición para trabajar treinta años, pero si no me curo tomando descanso necesario, sólo podré trabajar unos tres años. Como estos tres primeros años son los más interesantes para la Congregación (de las misioneras dominicas), a fin de pagar deudas y cimentar las casas principales de la misma, creo más agradable a Dios que yo trabaje hasta que me sea posible…, aunque pasados esos tres años quede inútil para el trabajo o abrevie la vida, ¿no le parece?»
Esta disponibilidad hasta la entrega de la propia vida por la causa del anuncio del evangelio formaba parte, como fundamento, de la mística misionera. El P. Zubieta, primer misionero del Vicariato de los ríos amazónicos del Madre de Dios y Urubamba puso los cimientos de las nuevas misiones dominicanas en tierras peruanas, dando su vida como el mejor instrumento evangelizador. Esa era y sigue siendo la señal de los grandes santos.